لاک پشت های نینجا که در نیویرورک هستند ، خود را برای مقابله با دشمن سرسخت خود ، تی سی آر آی آمده می کنند. دکتر باکستر استاکمن که بر روی پروژه ی طوفان اوزونی برای دشمن لاک پشت ها کار می کند ، در حال آماده سازی مقدمات حمله ای آسمانی و بزرگ به نیویورک می باشد. حال آپریل اونیل خبرنگار به کمک ۴ لاک پشت قصد دارند مانع از وقوع این حمله ناگهانی به نیویروک شوند و ...